Defisiensi enterokinase kongenital telah dijelaskan, serta defisiensi enzim sementara pada bayi yang lahir sangat prematur. Akibat defisiensi enterokinase, konversi tripsinogen menjadi tripsin terganggu, yang mengakibatkan pemecahan protein di usus halus. Pada patologi duodenum, defisiensi duodenase juga mungkin terjadi, yang menyebabkan defisiensi peptidase.