Beberapa jenis hepatitis autoimun tidak memiliki penyebab yang jelas, sementara yang lain dikaitkan dengan agen yang diketahui seperti asam thienic (diuretik) atau dengan penyakit seperti hepatitis C dan D. Secara umum, hepatitis autoimun dengan etiologi yang tidak diketahui memiliki gambaran klinis yang lebih dramatis, dengan aktivitas transaminase serum dan kadar γ-globulin yang lebih tinggi, histologi hati yang menunjukkan aktivitas yang lebih tinggi daripada kasus dengan etiologi yang diketahui, dan respons yang lebih baik terhadap terapi kortikosteroid.