Masa inkubasi flu berlangsung dari beberapa jam hingga 2 hari untuk flu A dan hingga 3-4 hari untuk flu B. Penyakit ini dimulai secara akut, dengan peningkatan suhu tubuh ke nilai yang tinggi (39-40 °C), disertai dengan menggigil, kelemahan umum, kelelahan, nyeri otot dan sendi. Demam mencapai puncaknya pada akhir hari pertama, lebih jarang pada hari kedua penyakit.