Agen penyebab ensefalitis virus yang ditularkan melalui kutu termasuk dalam genus flavivirus. Virionnya berbentuk bulat, berdiameter 40-50 nm, mengandung RNA, dan bereproduksi dengan baik dalam banyak kultur jaringan. Dari hewan laboratorium, tikus putih, hamster, monyet, dan tikus kapas adalah yang paling sensitif terhadap virus tersebut. Banyak hewan peliharaan juga rentan terhadap virus ensefalitis yang ditularkan melalui kutu.