H. influenzae adalah sel berbentuk batang atau kokoid pleomorfik gram negatif berukuran (0,2-0,3) x (0,5-2) µm. Sel-sel ini terletak di apusan secara tunggal atau berpasangan, dan terkadang dalam bentuk rantai pendek dan kelompok. Pada media padat, sel-sel ini membentuk koloni bulat kecil (berdiameter hingga 1 mm) yang tidak berwarna. Mikroorganisme tidak bergerak, tidak membentuk spora, tetapi pembentukan bentuk kapsul dimungkinkan, yang dikaitkan dengan sifat patogenik. Patogen menghasilkan endotoksin, yang pembawanya dianggap sebagai polisakarida kapsul.