Meningokokus adalah sel bulat gram negatif dengan diameter 0,6-0,8 µm. Pada apusan yang dibuat dari bahan yang diambil dari pasien, sel-sel tersebut berbentuk seperti biji kopi, sering kali terletak berpasangan atau berkelompok, atau secara acak, sering kali di dalam leukosit - fagositosis tidak lengkap.