Tuberkulosis kongenital jarang terjadi. Infeksi pada janin di tahap awal kehamilan menyebabkan keguguran dan bayi lahir mati. Jika kehamilan berlanjut, anak-anak akan lahir prematur, dengan tanda-tanda hipotrofi intrauterin, berat badan rendah. Pada hari-hari pertama setelah lahir, anak mungkin tampak sehat.