Neutropenia aloimun, atau isoimun, pada bayi baru lahir terjadi pada janin akibat ketidakcocokan antigenik neutrofil janin dan ibu. Isoantibodi ibu termasuk dalam kelas IgG, mereka menembus penghalang plasenta dan menghancurkan neutrofil anak. Isoantibodi biasanya adalah leukoaglutinin, mereka bereaksi dengan sel pasien dan ayahnya, tidak bereaksi dengan sel ibu.